入主长安城后，杨安玄忙得不可开交。先将已死的姚兴枭首装入木盒，对外宣称入宫后将秦皇斩杀，可以减轻一下太子姚泓的罪责。

姚泓归降，少了许多伤亡，杨安玄无意诛杀这位降太子，是死是活看建康处置。

将首级、玉玺、重器以及包括姚泓在内的秦国宗室百余人，捎带上梁喜、窦温等重臣一股脑装上战船，让刘衷通过水路将他们运往建康城报捷。

接下来处理俘兵，抓获大夏俘兵八千四百余人，长安城秦国降军近两万人，这些人暂时关押在城南的军营中，若不及时处理这些人将是隐患。

将大夏军和秦国军队打散分成两部，杨安玄命杨思平、赵田各率三千精兵、八千屯军押运这些俘兵前往上洛和弘农安置。

这些俘兵多是青壮，这些人若能顺利充实到雍、司之地，能让治下实力大增。但要这些人背井离乡，路上可能发生意外，杨安玄暗示两人，若有俘兵作乱，不妨杀之。

紧接着杨安玄将宫殿以及书籍封存好，宫中仅留少许内侍、宫女维护，其他人迁出宫外。杨安玄把从宫中得到的珍宝赏赐给出征将士，许诺将宫中所得女子赏赐给有功将士，。

要安抚百姓，当务之急是赈济灾民。赈灾粮不足，杨安玄让赵田带了张锋、沈庆之查抄秦国王公贵戚的府邸，抄这些人的家秦国百姓只会拍手称快，有利于安定民心。

有人舍命不舍财，试着凭家世讲讲道理，结果用人头造就出晋军的凶残，让秦国王公大臣对亡国有了深刻的理解。

为防止兵马四处抢掠，杨安玄在咨议殿召集麾下文武以及秦国降官约法三章，不准随意抢掠，不得侮辱妇女，不可妄杀无辜，违犯者斩。